تغییر ساختار فیزیکی خاک: کودهای شیمیایی میتوانند به بهبود ساختار فیزیکی خاک کمک کنند و باعث افزایش تولید موقت محصولات شوند.
کاهش کیفیت خاک: مصرف بیش از حد کودهای شیمیایی میتواند منجر به تجمع نمکها و مواد شیمیایی در خاک شود که باعث کاهش کیفیت خاک میگردد.
کاهش فعالیت میکروارگانیسمهای مفید: استفاده مداوم از کودهای شیمیایی میتواند به کاهش تنوع و فعالیت میکروارگانیسمهای مفید در خاک منجر شود که برای سلامت خاک ضروری هستند.
کمبود عناصر معدنی: در بلندمدت، کودهای شیمیایی ممکن است به کمبود برخی عناصر معدنی ضروری مانند آهن، روی و مس در خاک منجر شوند.